IDENTIFIKASI BAKTERI DENGAN METODE KIT API 20E

By Rozi Rozi On Rabu, September 04 th, 2019 · no Comments · In

Rapid deteksi mikroba atau yang dikenal dengan Digital Microbiology Test Kit saat ini sangat bervariasi dan beragam, dimana tujuannya adalah untuk mendeteksi bakteri dalam beberapa menit dari pengambilan sampel dengan tingkat kepadatan bakteri yang rendah, seperti 1 CFU hanya membutuhkan inkubasi 24 jam dari deteksi sampel. Dalam pembacaan hasil pengamatan dari beberapa tool rapid test memiliki fitur yang berbeda-beda ada berupa online for result dan ada yang dilengkapi oleh layar touch screen. Namun dalam beberapa dekade terakhir penggunakan KIT API 20NE masih menjadi tren dan hasil deteksinya memiliki keakuratan yang cukup tinggi apabila dibandingkan dengan deteksi PCR molekuler

API merupakan singkatan dari Analytical Profile Index dan merupakan sistem komersial untuk mengidentifikasi bakteri yang berbeda. Salah satu sistem API khusus untuk membedakan antara anggota keluarga bakteri Gram negatif dari family Enterobacteriaceae dan disebut API-20E. Sedangkan sistem API lainnya khusus untuk bakteri Gram positif, termasuk spesies Staphylococcus, Micrococcus, spesies, dan organisme terkait, dan disebut API-Staph. API terdiri dari strip plastik yang pada umumnya terdiri dari 20 miniatur tabung atau sumur. Hampir  semua jenis bakteri dan lebih dari 550 spesies yang berbeda bisa diidentifikasi dengan menggunakan uji API. Identifikasi yang dilakukan dengan API merupakan cara yang paling mudah dan uji API ini memberikan hasil identifikasi yang akurat (Carson 2001). Salah satu produk komersial untuk identifikasi bakteri ialah API 20E yang berguna untuk mengidentifikasi spesies dan subspesies Enterobacteriaceae dan identifikasi kelompok serta spesies mikroorganisme non-fermentatif. Selain API 20E, terdapat juga beberapa jenis produk seperti API 20NE yang berfungsi untuk identifikasi bakteri Gram negatif yang merupakan non-Enterobacteriaceae missal genus Vibrio, Aeromonas, Pseudomonas dll.

API 20E merupakan sistem identifikasi yang telah distandarkan yang mana menggunakan 20 miniatur tabung atau sumur untuk uji biokimia mikroorganisme dan sebuah database. Semua data yang telah didapat pada ke-20 miniatur tabung atau sumur tersebut dimasukkan ke dalam tabel identifikasi sehingga spesies bakteri dapat diketahui. Percobaan dilakukan dengan terlebih dahulu biakan sampel diinokulasikan dalam medium yang berisi 5 mL NaCl 0,85%.  Strip API 20E terdiri dari 20 mirotabung yang berisikan substrat yang telah dikeringkan. Strip API bertuliskan beberapa singkatan yang diteteskan suspensi bakteri dalam NaCl. Singkatan yang bergaris bawah menunjukkan bahwa suspensi bakteri diteteskan sebanyak setengah dari tinggi sumur dan ditambahkan mineral oil sampai sumur penuh, yaitu ADH, LDC, ODC. H2­­­S, dan URE. Singkatan yang berada di dalam kotak menunjukkan bahwa suspensi bakteri diteteskan sampai  sumur penuh, yaitu CIT, VP, dan GEL,  sedangkan singkatan yang tidak bergaris bawah maupun tidak berada di dalam kotak diisi dengan suspensi sampel sebanyak setengah dari tinggi sumur, yaitu ONPG, TDA, IND, GLU, MAN, INO, SOR, RHA, SAC, MEL, AMY, dan ARA

Berikut ini data dan hasil pengamatan yang dilakukan pada sampel bakteri E. coli.

Gambar 1. Hasil warna yang terbentuk pada sampel E. coli dengan reagen

Gambar 2. Data warna pada uji negatif dan uji positif yang akan dicocokkan dengan hasil sampel uji

Gambar 3. Pemasukan data hasil sampel uji dengan software API 20E

Gambar 4. Hasil uji positif dan negatif pada buku pedoman API 20E

Gambar 5. Hasil uji bakteri E. coli berdasarkan literatur Clayton (1986)

Strip API 20E yang akan diinkubasi pada suhu 37°C terlebih dahulu ditambahkan sedikit akuades agar kondisinya tetap lembab dan tidak kering karena suhu yang digunakan sebesar 37°C. Setelah diinkubasi selama 24 jam, reagen pelengkap ditambahkan pada IND sebanyak 1 tetes  reagen JAMES. Reagen TDA ditambahkan sebanyak satu tetes pada sumur TDA. Reagen VP 1 dan VP 2 ditambahkan masing-masing 1 tetes pada sumur VP. Hasil yang diperoleh kemudian dibandingkan dengan standar uji positif dan negatif yang dapat dilihat pada Gambar 2. Jika warna positif dan warna negatif tidak sama dengan warna sampel, maka dapat melihat tabel yang ada pada buku pedoman yang dapat dilihat pada Gambar 5.

Hasil positif dan negatif yang diperoleh kemudian dimasukkan ke dalam software yang dapat dilihat pada Gambar 3 atau dapat pula dimasukkan data hasil ke dalam codebook Tabel 1.

Triad I II III IV V VI VII
Tube 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 oxidase
Reaction + + + + + + + + + + +
Point 1 2 4 0 0 0 1 2 0 1 0 0 0 2 4 0 0 4 1 0 4
Add 7 0 3 1 6 4 5
7-digital Code 7 0 3 1 6 4 5

Berdasarkan hasil percobaan yang dapat dilihat pada gambar 4, diketahui  bahwa sampel bakteri E. coli yang diuji dengan API 20E merupakan E. coli 1 dengan % ID sebesar 86,2% dan terdapat pula Pantoe spp 4 dengan % ID sebesar 9,2%. menurut Clayton (1986), reaksi karakteristik pada bakteri E. coli akan memberikan hasil uji yang dapat dilihat pada Gambar 6.

Referensi

Carson J, Wagner T, Wilson T, Donachie L. 2001. Miniaturized tests forcomputer      assisted identification of motile Aeromonas species with an improved probabi      lity matrix. Journal of Applied Microbiology. 90, 190-200.

Clayton P, Feltham RKA, Mitchell CJ, Sneath PHA. 1986. Constructing a data-      base for low cost identification Gram negative rods in clinical laboratories.       Journal of Clinical Pathology. 39, 798-802.

Diana A. R. (2019). Identifikasi bakteri Escherichia coli dengan metode kit API 20E.

 

Penulis
Rozi, S.Pi,.M.Biotech
Departemen MKI-BP
Email: Rozi@fpk.unair.ac.id

Leave a Reply

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *