MENDAPATKAN HIGH QUALITY OF GENOMIC DNA BERDASARKAN MINI KIT FAVORGEN

By Rozi Rozi On Rabu, September 04 th, 2019 · no Comments · In

Platform sequencing sangat bergantung pada produk DNA/RNA yang berkualitas tinggi, dimana beberapa kasus bahwa agen produsen akan menolak untuk analisis sekuensing ataupun metagenomik, bahkan produk tersebut bisa saja dikembalikan kembali jika konsentrasi DNA belum mencapai sekitar 600-800 ng/μL. Beberapa alasan kendala terhadap rendahnya kualitas DNA/RNA adalah disebabkan oleh jaringan sampel yang mengandung banyak senyawa fenolik sehingga menghasilkan rendahnya produk kualitas DNA/RNA dan salah dalam memilih kit isolasi dan ektraksi DNA/RNA. Oleh karena itu, researcher biasanya mengalami kesulitan dalam menghasilkan high quality of genomic DNA ini sehingga sangat mempengaruhi kualitas hasil sequencing dan analisis metagenomik. Tujuan mempelajari metode ekstraksi DNA yang berasal dari produk Mini Kit FavorGen untuk menghasilkan ekstraksi DNA yang berkualitas tinggi. Dari referensi literatur menyebutkan bahwa dari lima metode yang berbeda termasuk metode Lopez and Gomez, modified hexadecyltrimethyl ammonium bromide (CTAB), kit TranszolUP, Favorgen dan Qiagen telah dibandingkan. Dengan mengoptimalkan metode CTAB, telah terbukti bahwa metode terbaik untuk mendapatkan DNA/RNA murni (rasio A260 / A280 tinggi) dengan hasil tertinggi yaitu dengan metode Mini Kit FavorGen. Dalam kontrol metode sampel ini menggunakan bioanalisis untuk mengkonfirmasi kesesuaiannya untuk analisis hilir sekuensing DNA/RNA. Metode Mini Kit FavorGen dapat dilihat pada Gambar 1.

Gambar 1. Tahapan ektraksi DNA metagenomic menggunakan Mini Kit FavorGen

Dalam field trip Outbound ini, penulis berkesempatan langsung mempraktikkan isolasi dan ektraksi sampel usus ikan nila menggunakan Mini Kit FavorGen di Laboratorium Bioteknologi, Fakulti Agriculture, UPM (Gambar 2). General Protocol dilakukan sebanyak 18 tahapan sesuai prosedur manufaktur. Harapan ke depan adalah semoga dengan membaca artikel ini, researcher dapat menambah hasanah dan cakrawala pengetahuan terkait metode dan kit ektraksi DNA/RNA terutama dari isolasi bakteri dari ikan sehingga dapat dipertimbangkan sebagai rujukan untuk mengurangi tingginya cost dan waste time.

Gambar 2. Proses ektraksi DNA metagenomic menggunakan Mini Kit FavorGen

Penulis
Rozi, S.Pi,.M.Biotech
Departemen MKI-BP
Email: Rozi@fpk.unair.ac.id

Leave a Reply

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *