DETEKSI GEN MCP (MAJOR CAPSID VIRUS) VIRUS IMNV (INFECTIOUS MYONECROSIS VIRUS) YANG DIEKSTRAK DARI UDANG VANAME
Penyakit sering menjadi masalah utama dalam budidaya udang dan berdampak negatif terhadap ekonomi di negara-negara yang banyak memiliki industri budidaya udang khususnya di Asia. Beberapa penyakit yang menyerang udang antara lain penyakit viral seperti IHHN (infectious hypodermal and hematopoietic necrosis), YH (yellow head), WSS (white spot syndrome), TS (taura syndrome), IMN (infectious myonecrosis), dan penyakit bakterial vibriosis. Infeksi virus IMN merupakan famili Totiviridae dengan tipe genom dsRNA, non-enveloped, virion tidak bersegmen, dan berbentuk simetrik ikosahedral berdiameter 40 nm (Senapin et al., 2008) (Gambar 1), namun penyakit virus ini tergolong penyakit new disease viral yang menyerang udang vaname di Indonesia.
Penyakit IMN pertama kali ditemukan di Brazil pada tahun 2002 dan menyebabkan dampak kerugian ekonomi yang signifikan. Wabah IMNV menyebar ke Indonesia dengan gejala klinis mirip dengan wabah di Brazil pada tahun 2006. Tahun 2010 Walker & Winton melaporkan bahwa kerugian akibat serangan penyakit IMN diperkirakan mencapai US $ 3 milyar per tahun atau setara dengan 40% dari produksi udang dunia. Sedangkan Kemunculan IMNV di Kawasan Asia Tenggara, pertama kali ditemukan dibudidaya udang vaname umur 60-80 hari pada Mei 2006 di Situbondo, Indonesia, dan bulan Agustus 2006 di Hainan, China. Virus IMN tersebut telah menginfeksi budidaya udang vaname di Jawa Timur, Bali, Nusa Tenggara, dan Sumatera.
Penyebaran IMNV dapat melalui Transmisi horizontal dan vertical. Potensi transmisi horizontal IMNV biasanya terjadi pada budidaya udang vaname yang menerapkan sistem budidaya intensif dengan padat tebar tinggi dan jarak tambak relative berdekatan. Sedangkan Transmisi horizontal IMNV di pertambakan diduga juga terjadi akibat perairan lepas yang sudah terkontaminasi IMNV. Tambak yang terinfeksi IMNV biasanya membuang air dan udang mati langsung ke laut tanpa perlakuan sterilisasi terlebih dahulu sehingga dapat mengontaminasi pertambakan lain yang berada di kawasan tersebut yang juga mengambil air laut yang sudah terkontaminasi sehingga infeksi virus semakin meluas .
Udang yang terserang penyakit IMN akan kehilangan transparansi pada ototnya karena terlihat berwarna putih. Warna putih tersebut adalah nekrosis pada otot skeletal akibat infeksi virus IMNV. histologi jaringan otot atau organ limfoid dengan pewarnaan haematoxylin- eosin (Gambar 2). Pada histologi jaringan otot dapat dilihat bodi inklusi basophilic tunggal maupun berganda yang terdapat pada sitoplasma dan di dekat nukleus. histologi organ limfoid dapat ditemukan akumulasi lymphoid organ speroids (LOS) yang merupakan hipertropi sel limfoid.
Salah satu metode mencegah penyebaran serangan virus menurut Murti, 1997 yaitu dengan mengetahui epidemiologinya. Epidemiologi merupakan ilmu yang mempelajari penyebaran penyakit, frekuensi penyakit, faktor penentu, dan status penyakit dalam populasi yang bertujuan untuk mendeskripsikan keadaan penyakit dan status kesehatan suatu populasi dengan menghitung frekuensi penyakit dan penyebarannya pada berbagai populasi, tempat, dan waktu.
Analisis sekuen genom komplit IMNV yang diisolasi dari udang vaname telah dilakukan oleh Lightner et al., (2004), dan Poulos et al., (2006). Begitu juga analisis filogenetik IMNV telah dilakukan berdasarkan RNA-dependent dari gen RNA polimerase (RdRp), hasilnya IMNV memiliki kemiripan dengan Giardia lamblia virus (GLV) yang merupakan bagian dari famili Totiviridae (Poulos et al., 2006). Sementara deteksi gen Major capsid protein (MCP) IMNV isolat Indonesia yang menginfeksi udang vaname belum pernah dilaporkan. Analisis tersebut penting dilakukan berkaitan dengan metode deteksi serta keragaman genetik IMNV antar pulau di Indonesia sehingga dapat membantu dalam penanggulangan, dan pencegahan wabah penyakit sejak dini. Sedangkan gen Major capsid protein (MCP) tersebut berperan sebagai pembentukan fusi translasi protein dan dirakit menjadi virion. Dalam penelitian tersebut penulis berhasil mendeteksi parsial gen major capsid protein (MCP) IMNV isolat Indonesia dengan teknik Nested RT-PCR. Elektroferogram hasil elektroforesis produk RT-PCR amplifikasi gen MCP virus IMN isolat Indonesia dengan ukuran band sebesar 600 bp (Gambar 3).
Reverse trancriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) itu sendiri merupakan RNA yang ditranskripsi balik ke dalam DNA complement (cDNA) dengan menggunakan enzim reverse transcriptase, dan menghasilkan cDNA kemudian diamplifikasi menggunakan teknik PCR. Desain Primer parsial gen MCP diamplifikasi dengan pendekatan RT-PCR untuk menghasilkan fragmen produk pada region sembilan, dan sepuluh yang masing-masing akan mengamplifikasi berupa pita berukuran sekitar 600 bp dan 633 bp sehingga memiliki total sekuen nukleotida sebesar 1113 basa, dimana strategi dalam desain primer tersebut berdasarkan modifikasi primer Senapin et al., (2007). Metode deteksi Nested RT-PCR memiliki kelebihan diantaranya sangat sensitif, dan cepat dalam diagnosa (Poulos et al., 2006).
Referensi:
Lightner, D.V., Pantoja, C.R., Poulos, B.T., Tang, K.F.J., Redman, R.M., Pasos, D.E., Andrade, T., and Bonami, J.R. 2004. Infectious myonecrosis: new disease in Pacific white shrimp. Journal Global Aquaculture Advocate. 7: 85.
Poulos, B.T., Kathy, F.J.T., Carlos, R.P., Bonami, J.R., and Lightner, D.V. 2006. Purification and Characterization of Infectious Myonecrosis Virus of Penaeid shrimp. Journal of general virology. 87:987-996.
Senapin, S., Phewsaiya, K., Briggs, M., and Flegel, T.W. 2007. Outbreaks of infectious myonecrosis virus (IMNV) in Indonesia confirmed by genome sequencing and use of an alternative RT-PCR detection method. Aquaculture. 266(1-4): 32–38.
Penulis:
Rozi
(Departemen MKI-BP)
Email: rozi@fpk.unair.ac.id
