Tak hanya daratannya yang mempunyai sumberdaya berlimpah, laut papua juga tak kalah menyimpan sumberdaya alam yang berlimpah dan eksostis yang dapat dijadikan sebagai sumber ekonomi bagi masyarakat pesisir. Salah satu kekayaan laut yang indah dan berpotensi untuk dijadikan sebagai objek wisata adalah dunia bawah laut yang mempunyai ekosistem terumbu karang serta ikan ikan yang indah. Terumbu karang sendiri merupakan sekumpulan hewan karang yang bersimbiosis dengan sejenis tumbuhan alga yang disebut zooxanthellae. Kepulauan Raja Ampat merupakan salah satu daerah di Papua yang memiliki ekosistem terumbu karang yang terbentang di paparan dangkal hampir semua pulau. Tipe terumbu yang terdapat di Kepulauan Raja Ampat umumnya berupa karang tepi (fringing reef), dengan kemiringan yang cukup curam. Selain itu terdapat juga tipe terumbu cincin (atol) dan terumbu penghalang (barrier reef). Terdapat 537 jenis karang keras (CI, TNCWWF), 9 diantaranya adalah jenis baru dan 13 jenis endemik. Jumlah tersebut merupakan 75% dari jumlah karang di dunia. 

Perairan Dok II juga memiliki 22 jenis terumbu karang terdiri dari 1 (satu) ordo yaitu  Scleractinia, 5 (lima) sub ordo yaitu Archaecoenina, Faviina, Fungiina,  Archaecoenina, Poritina, 9 (sembilan)  genus yaitu Acropora, Cycloseris, Jamur, Leptoseris, Pavona, Pocillopora, Porites, Scapophyllia, Hydnopora, lobophily, symphyllia,  Acanthastrea, Pectinia dan  Plesiastrea.  Namun, keadaan terumbu karang  saat ini mengalami kerusakan rata-rata  90% dengan detail sangat rusak:  60% rusak berat, 30% rusak sedang,  dan 10% baik. Kerusakan tersebut terjadi karena ulah manusia (anthropogenic) khususnya karena tidak ada kesadaran saat menggunakan alat tangkap yang tidak bersahabat dengan lingkungan (bom dan potasium), penggunaan laut seperti tempat pembuangan limbah perkotaan dan sedimentasi sungai Anafri, yang bermuara ke Perairan pantai.

Salah satu batuan karang yang ditemukan di wilayah Teluk Wondama adalah terumbu karang koral terangkat. Terumbu Koral Terangkat (Qc), berupa batugamping koral, dijumpai di utara Pulau Mioswaar dan sisi timur Pulau Yop dan tersebar di dasar laut teluk Wondama.

Pada kawasan Teluk Wondama ini, terumbu karang yang ada masih terlihat dengan jelas dan utuh, terlebih yang berada di kawasan barat teluk. Terjaganya terumbu karang pada daerah ini dipengaruhi oleh beberapa faktor. Diantaranya adalah sebagian masyarakat Wondama yang hidup sederhana dan bermata pencaharian sebagai nelayan tradisional, nelayan masih menggunakan alat pancing atau jala tradisional yang membuat terjaganya ekosistem laut di Teluk Wondama.

Penulis: Dorothea Ivey Soetianardi, Dyah Arum Haura Fauziyyah, Richan Muhammad Al Farizi, Vanya Aurelia Sakti, Dimas Arya Putra Andhika, Diva Qurrota Ayun