DETEKSI CEPAT VIRUS IMNV (INFECTIOUS MYONECROSIS VIRUS) PADA UDANG VANAME MENGGUNAKAN NESTED RT-PCR

Infectious myonecrosis (IMN) yang disebabkan oleh infectious myonecrosis virus (IMNV), merupakan agen penyebab penyakit sistemik serius yang dapat menyebabkan morbiditas dan mortalitas yang cukup signifikan pada budidaya Litopenaeus vannamei. Virus IMN  di Indonesia dilaporkan  pertama kali terjadi di Asia adalah daerah Situbondo, Indonesia tahun 2006 dan mortalitas pada udang vaname bisa mencapai 70%. Gen penyandi protein capsid IMNV diduga merupakan segmen gen spesifik yang digunakan untuk mempelajari variasi genetik virus IMN serta memperlihatkan hubungan antara evolusi molekuler dan distribusi geografisnya.

Deteksi infeksi virus IMNV (Infectious Myonecrosis Virus) secara morfologi hanya dapat dikerjakan oleh orang-orang yang sudah berpengalaman dan dengan tingkat validitas yang tidak dapat diukur. Oleh karena itu diperlukan metode yang dapat mendeteksi ada tidaknya infeksi virus tersebut dengan tepat dan cepat. Penelitian yang pernah dilakukan pada Macrobracium rosenbergii yaitu dilaporkan oleh Hameed et al. (2004), yang melakukan penelitian udang galah yang terkena penyakit White Tile Disease (WTD) dengan RT-PCR. Namun, Deteksi molekuler IMNV pada Litopenamous vannamei dengan Nested RT-PCR belum pernah dilakukan dan dipublikasikan. Deteksi molekuler dengan teknik Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) telah berhasil digunakan dalam penelitian ini untuk mendeteksi keberadaan IMNV dan juga untuk mengetahui tingkat kekebalan udang vaname terhadap virus IMNV.Deteksi virus IMN pada isolat RNA dikerjakan menggunakan metode nested RT-PCR (OIE, 2009).  Rancangan nested RT-PCR dengan dua set primer dapat dilihat pada Gambar 1 (Poulos & Lightner, 2006).

Posisi sekuen primer Nested RT-PCR. Primer step pertama adalah 4574-4901 (kotak warna hitam), dan step kedua pada posisi 4722-4860 (kotak warna biru)

Referensi

Hameed, A.S.S., Yoganandha, K., Widada S.J. and Bonami, J.R. (2004) Expe riment a l transmission and tissue tropism of Macrobrachium rosenbergii Nodavirus (MrNV) and its assosiated Extra Small Virus (ESV). Dis. Aquat. Org. 62: 191-196.

Poulos, B.T., and Lightner, D.V. 2006. Detection of infectious myonecrosis virus (IMNV) of penaeid shrimp by reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). Diseases of aquatic organisms. 73(1). 69–72.

Penulis:
Rozi
(Departemen MKI-BP)
Email: rozi@fpk.unair.ac.id